Silencio en Tombouctou. Las puertas están cerradas y las calles desiertas. No se escucha música, no se juega fútbol, nadie fuma. No se ven colores, nadie ríe, las mujeres son sólo sombras. Los extremistas religiosos han sembrado el terror. Lejos del caos, en las dunas Kidane lleva una vida tranquila con su esposa, su hija e Issan, su perro pastor. Pero su tranquilidad durará poco. Tras matar accidentalmente a Amadou, un pescador que atacó a su vaca preferida, Kidane debe enfrentar la justicia de los nuevos dirigentes que se oponen a un islam abierto y tolerante. Ante la humillación y los actos de esos personajes multifacéticos, Timbuktu cuenta el combate silencioso y digno de hombres y mujeres, y el futuro incierto de los niños…