Año 1646. En una tierra desolada por la guerra y la enfermedad, Krabat, un huérfano de catorce años, lucha por su supervivencia. Una noche, oye una extraña voz en sueños. Siguiendo sus instrucciones, deja la choza que le sirve de refugio temporal y se encamina hacia un misterioso molino. Allí, el molinero le ofrece lecho y comida si accede a convertirse en su aprendiz. Feliz por haber encontrado donde refugiarse del hambre y el frío, Krabat acepta entusiasmado. Trabaja con otros once jóvenes que viven en el molino y pronto empieza a sospechar que esconden un misterioso secreto...