Le jeune orphelin Krabat erre à travers l’Allemagne dévastée par la guerre de Trente Ans et la famine. Une nuit, il entend en rêve une voix inquiétante qui l’invite à se rendre au sinistre moulin de Koselbruch. C’est là qu’il devient apprenti meunier sous la houlette d’un maître rigoureux mais charismatique. Toute sa vie en est désormais changée. Parmi les onze autres apprentis, il y a Tonda qui va devenir son meilleur ami. Si l’art occulte le séduit, il est toutefois encore plus fasciné par le charme de Kantorka, une jeune paysanne pour laquelle Krabat a le coup de foudre. Il y risque pourtant sa vie et celle de la belle car le maître ne supporte aucune concurrence ; il exige une obéissance absolue et redoute l’amour. En effet, seul l’amour peut briser sa mystérieuse alliance avec la mort en même temps que la malédiction du moulin qui coûte chaque année la vie à l’un des apprentis…