Colonia nous raconte le coup d’Etat Chilien de 1973 contre Allende. La foule est dans la rue et proteste contre le général Pinochet. Parmi eux, Daniel et Lena, un jeune couple d’allemands qui est arrêté par les milices. Daniel est envoyé à la mystérieuse Colonia Dignidad, dirigée par l’ancien nazi Paul Schaffer. Lena décide alors d’infiltrer cet enfer sur terre pour sauver Daniel.