La vicenda ha come protagonista il marinaio Querelle (derivato da "macquerelle" termine femminilizzato di "macquereau", in italiano "magnaccia"). Querelle è imbarcato sulla nave "Vengeur", ancorata nel porto di Brest, è bello e forte ed è nascostamente amato dal comandante della nave, il tenente Seblon. Sceso a terra, conosce in un bistrot-bordello il padrone del sordido locale, Nono, sua moglie Lysiane, amante del fratello di Querelle, Robert. Querelle vende oppio a Nono; gioca a dadi con Nono la sua integrità, perde e ne subisce le conseguenze; soffia al fratello l'amante Lysiane; intesse una nefanda tresca con Mario, un bestiale poliziotto, al quale denuncia Gil, un assassino del quale si è innamorato, e infine supplica il suo innamorato tenente Seblon di sfogare su di lui i suoi perversi desideri, per raggiungere finalmente l'identità che va disperatamente cercando nell'esperienza di ogni nefandezza.